Ce sont essentiellement les collectivités territoriales qui ont initié la création du CEEI Pyrénées qui en assurent le financement avec l'appui de la Commission Européenne qui vient abonder les dotations de fonctionnement par les fonds FEDER.
Ces collectivités territoriales ont en effet jugé que si le besoin (d'aide par le conseil de projets innovants) existe, ce besoin n'est pas immédiatement solvable et qu'il leur appartenait d'en assurer le financement.
Ces ressources peuvent être complétées par des contrats de "conseil risque" qui permettent de rémunérer a posteriori une partie des frais engagés sous forme de créances différées en les mettant sous condition de succès du projet ainsi que d'asseoir une relation claire clients/fournisseurs (vous/nous).
